๐Ÿ”ฌ Dscript๋ž€?

Dscript PPI ์˜ˆ์ธก ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ์ƒํ˜ธ์ž‘์šฉ ๋”ฅ๋Ÿฌ๋‹ ์„œ์—ด ๊ธฐ๋ฐ˜ ์˜ˆ์ธก ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ๋„คํŠธ์›Œํฌ

Dscript๋Š” ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ์„œ์—ด๋งŒ์œผ๋กœ ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ-๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ์ƒํ˜ธ์ž‘์šฉ(PPI)์„ ์˜ˆ์ธกํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” ๋”ฅ๋Ÿฌ๋‹ ๋ชจ๋ธ์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ๊ตฌ์กฐ ์ •๋ณด ์—†์ด๋„ ๋†’์€ ๋ฒ”์šฉ์„ฑ๊ณผ ์†๋„๋ฅผ ์ž๋ž‘ํ•˜๋ฉฐ, ์งˆ๋ณ‘ ๋„คํŠธ์›Œํฌ ๋ถ„์„ ๋“ฑ ๋‹ค์–‘ํ•œ ์ƒ๋ฌผํ•™์  ์—ฐ๊ตฌ์— ํ™œ์šฉ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

0%
๋ชฉ์ฐจ
๋ชฉ์ฐจ

Dscript๋Š” ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ์˜ ์•„๋ฏธ๋…ธ์‚ฐ ์„œ์—ด๋งŒ์„ ์ž…๋ ฅ์œผ๋กœ ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ-๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ์ƒํ˜ธ์ž‘์šฉ(PPI) ๊ฐ€๋Šฅ์„ฑ์„ ์˜ˆ์ธกํ•˜๋Š” ๋”ฅ๋Ÿฌ๋‹ ๊ธฐ๋ฐ˜ ๋„๊ตฌ์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ๊ตฌ์กฐ ์ •๋ณด ์—†์ด๋„ ๋Œ€๊ทœ๋ชจ PPI ์Šคํฌ๋ฆฌ๋‹์ด ๊ฐ€๋Šฅํ•˜๋ฉฐ, ์งˆ๋ณ‘ ์—ฐ๊ตฌ๋‚˜ ๋„คํŠธ์›Œํฌ ๋ถ„์„์—์„œ ๊ฐ•๋ ฅํ•œ ์„ ๋ณ„ ๋„๊ตฌ๋กœ ์‚ฌ์šฉ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

์ฐธ๊ณ : Dscript๋Š” CNN ๊ธฐ๋ฐ˜ ์„œ์—ด ์ž„๋ฒ ๋”ฉ ๋ชจ๋ธ์„ ํ†ตํ•ด ๊ธฐ๋Šฅ์  ๋ชจํ‹ฐํ”„๋ฅผ ํ•™์Šตํ•˜๋ฉฐ, ๋‹จ์ˆœ ์œ ์‚ฌ์„ฑ ๊ธฐ๋ฐ˜ ์ ‘๊ทผ์„ ๋„˜์–ด์„œ ์ž ์žฌ์  ๊ธฐ๋Šฅ ์˜์—ญ์„ ํฌ์ฐฉํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

๐Ÿงช ์šฐ๋ฆฌ ํ”Œ๋žซํผ์—์„œ ์–ด๋–ป๊ฒŒ ์ œ๊ณต๋˜๋‚˜์š”?

์šฐ๋ฆฌ ํ”Œ๋žซํผ์—์„œ๋Š” Dscript๋ฅผ ๋‹ค์–‘ํ•œ Prediction ๋ชจ๋ธ๊ณผ ํ•จ๊ป˜ ์ œ๊ณตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ๊ฐ„๋‹จํžˆ FASTA ์„œ์—ด๊ณผ ์ƒํ˜ธ์ž‘์šฉ์„ ๋ณด๊ณ  ์‹ถ์€ ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ pair ๋ฆฌ์ŠคํŠธ๋งŒ ์ž…๋ ฅํ•˜๋ฉด, ์ƒํ˜ธ์ž‘์šฉ ๊ฐ€๋Šฅ์„ฑ ์ ์ˆ˜๋ฅผ ์ผ๊ด„ ๊ณ„์‚ฐํ•ด์ค๋‹ˆ๋‹ค.

๋˜ํ•œ threshold, batch size, ๋ชจ๋ธ ์ข…๋ฅ˜ ๋“ฑ์„ ์กฐ์ •ํ•˜์—ฌ ๋Œ€๊ทœ๋ชจ ์Šคํฌ๋ฆฌ๋‹์—๋„ ์ตœ์ ํ™”๋œ ํ™˜๊ฒฝ์„ ์ œ๊ณตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

๐Ÿ“ ์‚ฌ์šฉ ๋ฐฉ๋ฒ• ์•ˆ๋‚ด

1. ์ž‘์—… ์ด๋ฆ„ ์ง€์ •

  • ์˜ˆ: Dscript_PPI_test1

2. ์ž…๋ ฅ ๋ฐฉ์‹ ์„ ํƒ

  • ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ์„œ์—ด: FASTA ํ˜•์‹
  • ํ™•์ธํ•  ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ pair ๋ฆฌ์ŠคํŠธ (์˜ˆ: A.txt, B.txt)

3. ํŒŒ๋ผ๋ฏธํ„ฐ ์„ค์ •

์˜ต์…˜์„ค๋ช…
Threshold์ƒํ˜ธ์ž‘์šฉ ์—ฌ๋ถ€ ํŒ๋‹จ ๊ธฐ์ค€ ์ ์ˆ˜ (์˜ˆ: 0.7)
Batch size์˜ˆ์ธก ์ฒ˜๋ฆฌ ๋‹จ์œ„ (GPU ํ™˜๊ฒฝ์— ๋”ฐ๋ผ ์กฐ์ •)
Prediction ๋ชจ๋ธHuman, Topsy, tt3d ์ค‘ ์„ ํƒ

4. ๊ฒฐ๊ณผ ํ™•์ธ

  • ๊ฐ ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ pair์˜ ์ƒํ˜ธ์ž‘์šฉ ์ ์ˆ˜ (0~1)
  • ์ƒํ˜ธ์ž‘์šฉ ๊ฐ€๋Šฅ์„ฑ์ด ๋†’์€ ์ˆœ์œผ๋กœ ์ •๋ ฌ
Job Name: Dscript_PPI_test1
์ž…๋ ฅ๊ฐ’ ์˜ˆ์‹œ:
FASTA: >sp|P12345|...
Pair list: A.txt, B.txt
์˜ต์…˜: ๋ชจ๋ธ = tt3d, Threshold = 0.75

๐Ÿงฌ ๋ถ„์„ ๊ฒฐ๊ณผ ํ™œ์šฉ ์˜ˆ์‹œ

  • ์‹ ๊ทœ PPI ํƒ์ƒ‰: ์œ ์ „ ์งˆํ™˜ ๊ด€๋ จ ๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ๊ฐ„์˜ ์ž ์žฌ์  ์ƒํ˜ธ์ž‘์šฉ ์˜ˆ์ธก
  • ์งˆ๋ณ‘ ๋„คํŠธ์›Œํฌ ๊ตฌ์ถ•: ์ƒํ˜ธ์ž‘์šฉ ์˜ˆ์ธก์„ ๊ธฐ๋ฐ˜์œผ๋กœ digenic interaction ๋ถ„์„

โš ๏ธ ์ฃผ์˜์‚ฌํ•ญ

ํ•ญ๋ชฉ๋‚ด์šฉ
์ž…๋ ฅ ํ˜•์‹FASTA (๋‹จ๋ฐฑ์งˆ ์„œ์—ด), txt (pair ๋ฆฌ์ŠคํŠธ)
๋ถ„์„ ์‹œ๊ฐ„๋ชจ๋ธ์— ๋”ฐ๋ผ ์ƒ์ด (tt3d๋Š” ์ƒ๋Œ€์ ์œผ๋กœ ๋А๋ฆผ)
ํ•ด์„ ๊ธฐ์ค€Threshold ๊ฐ’์€ ์‹คํ—˜ ๋ชฉ์ ์— ๋”ฐ๋ผ ์„ค์ • ํ•„์š”

โœ… ๋งˆ๋ฌด๋ฆฌ

Dscript๋Š” ์„œ์—ด ๊ธฐ๋ฐ˜ PPI ์˜ˆ์ธก์„ ๋น ๋ฅด๊ฒŒ ์ˆ˜ํ–‰ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” ๋”ฅ๋Ÿฌ๋‹ ๋„๊ตฌ์ž…๋‹ˆ๋‹ค. AF multimer, Boltz-2 ๋“ฑ๊ณผ ์—ฐ๊ณ„ํ•˜์—ฌ ๊ตฌ์กฐ ๊ธฐ๋ฐ˜ ์ •๋ฐ€ ๋ถ„์„ ๋ฐ ์นœํ™”๋„ ํ‰๊ฐ€๋กœ ํ™•์žฅ ํ™œ์šฉ์ด ๊ฐ€๋Šฅํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

์ง€๊ธˆ ๋ฐ”๋กœ Dscript ๋ถ„์„ ํŽ˜์ด์ง€์—์„œ ์ง์ ‘ ์‚ฌ์šฉํ•ด๋ณด์„ธ์š”!


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