๐ฌ Dscript๋?
2025๋ 08์ 21์ผ
Dscript๋ ๋จ๋ฐฑ์ง์ ์๋ฏธ๋ ธ์ฐ ์์ด๋ง์ ์ ๋ ฅ์ผ๋ก ๋จ๋ฐฑ์ง-๋จ๋ฐฑ์ง ์ํธ์์ฉ(PPI) ๊ฐ๋ฅ์ฑ์ ์์ธกํ๋ ๋ฅ๋ฌ๋ ๊ธฐ๋ฐ ๋๊ตฌ์ ๋๋ค. ๊ตฌ์กฐ ์ ๋ณด ์์ด๋ ๋๊ท๋ชจ PPI ์คํฌ๋ฆฌ๋์ด ๊ฐ๋ฅํ๋ฉฐ, ์ง๋ณ ์ฐ๊ตฌ๋ ๋คํธ์ํฌ ๋ถ์์์ ๊ฐ๋ ฅํ ์ ๋ณ ๋๊ตฌ๋ก ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค.
์ฐธ๊ณ : Dscript๋ CNN ๊ธฐ๋ฐ ์์ด ์๋ฒ ๋ฉ ๋ชจ๋ธ์ ํตํด ๊ธฐ๋ฅ์ ๋ชจํฐํ๋ฅผ ํ์ตํ๋ฉฐ, ๋จ์ ์ ์ฌ์ฑ ๊ธฐ๋ฐ ์ ๊ทผ์ ๋์ด์ ์ ์ฌ์ ๊ธฐ๋ฅ ์์ญ์ ํฌ์ฐฉํฉ๋๋ค.
๐งช ์ฐ๋ฆฌ ํ๋ซํผ์์ ์ด๋ป๊ฒ ์ ๊ณต๋๋์?
์ฐ๋ฆฌ ํ๋ซํผ์์๋ Dscript๋ฅผ ๋ค์ํ Prediction ๋ชจ๋ธ๊ณผ ํจ๊ป ์ ๊ณตํฉ๋๋ค. ๊ฐ๋จํ FASTA ์์ด๊ณผ ์ํธ์์ฉ์ ๋ณด๊ณ ์ถ์ ๋จ๋ฐฑ์ง pair ๋ฆฌ์คํธ๋ง ์ ๋ ฅํ๋ฉด, ์ํธ์์ฉ ๊ฐ๋ฅ์ฑ ์ ์๋ฅผ ์ผ๊ด ๊ณ์ฐํด์ค๋๋ค.
๋ํ threshold, batch size, ๋ชจ๋ธ ์ข ๋ฅ ๋ฑ์ ์กฐ์ ํ์ฌ ๋๊ท๋ชจ ์คํฌ๋ฆฌ๋์๋ ์ต์ ํ๋ ํ๊ฒฝ์ ์ ๊ณตํฉ๋๋ค.
๐ ์ฌ์ฉ ๋ฐฉ๋ฒ ์๋ด
1. ์์ ์ด๋ฆ ์ง์
- ์:
Dscript_PPI_test1
2. ์ ๋ ฅ ๋ฐฉ์ ์ ํ
- ๋จ๋ฐฑ์ง ์์ด: FASTA ํ์
- ํ์ธํ ๋จ๋ฐฑ์ง pair ๋ฆฌ์คํธ (์:
A.txt
,B.txt
)
3. ํ๋ผ๋ฏธํฐ ์ค์
์ต์ | ์ค๋ช |
---|---|
Threshold | ์ํธ์์ฉ ์ฌ๋ถ ํ๋จ ๊ธฐ์ค ์ ์ (์: 0.7) |
Batch size | ์์ธก ์ฒ๋ฆฌ ๋จ์ (GPU ํ๊ฒฝ์ ๋ฐ๋ผ ์กฐ์ ) |
Prediction ๋ชจ๋ธ | Human, Topsy, tt3d ์ค ์ ํ |
4. ๊ฒฐ๊ณผ ํ์ธ
- ๊ฐ ๋จ๋ฐฑ์ง pair์ ์ํธ์์ฉ ์ ์ (0~1)
- ์ํธ์์ฉ ๊ฐ๋ฅ์ฑ์ด ๋์ ์์ผ๋ก ์ ๋ ฌ
Job Name: Dscript_PPI_test1
์
๋ ฅ๊ฐ ์์:
FASTA: >sp|P12345|...
Pair list: A.txt, B.txt
์ต์
: ๋ชจ๋ธ = tt3d, Threshold = 0.75
๐งฌ ๋ถ์ ๊ฒฐ๊ณผ ํ์ฉ ์์
- ์ ๊ท PPI ํ์: ์ ์ ์งํ ๊ด๋ จ ๋จ๋ฐฑ์ง ๊ฐ์ ์ ์ฌ์ ์ํธ์์ฉ ์์ธก
- ์ง๋ณ ๋คํธ์ํฌ ๊ตฌ์ถ: ์ํธ์์ฉ ์์ธก์ ๊ธฐ๋ฐ์ผ๋ก digenic interaction ๋ถ์
โ ๏ธ ์ฃผ์์ฌํญ
ํญ๋ชฉ | ๋ด์ฉ |
---|---|
์ ๋ ฅ ํ์ | FASTA (๋จ๋ฐฑ์ง ์์ด), txt (pair ๋ฆฌ์คํธ) |
๋ถ์ ์๊ฐ | ๋ชจ๋ธ์ ๋ฐ๋ผ ์์ด (tt3d๋ ์๋์ ์ผ๋ก ๋๋ฆผ) |
ํด์ ๊ธฐ์ค | Threshold ๊ฐ์ ์คํ ๋ชฉ์ ์ ๋ฐ๋ผ ์ค์ ํ์ |
โ ๋ง๋ฌด๋ฆฌ
Dscript๋ ์์ด ๊ธฐ๋ฐ PPI ์์ธก์ ๋น ๋ฅด๊ฒ ์ํํ ์ ์๋ ๋ฅ๋ฌ๋ ๋๊ตฌ์ ๋๋ค. AF multimer, Boltz-2 ๋ฑ๊ณผ ์ฐ๊ณํ์ฌ ๊ตฌ์กฐ ๊ธฐ๋ฐ ์ ๋ฐ ๋ถ์ ๋ฐ ์นํ๋ ํ๊ฐ๋ก ํ์ฅ ํ์ฉ์ด ๊ฐ๋ฅํฉ๋๋ค.
์ง๊ธ ๋ฐ๋ก Dscript ๋ถ์ ํ์ด์ง์์ ์ง์ ์ฌ์ฉํด๋ณด์ธ์!