๐ฌ Immunebuilder๋?
2025๋ 08์ 21์ผ
Immunebuilder ๋ ํญ์ฒด(antibody, nanobody) ์ TCR(T cell receptor) ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ์์ธกํ๋ ๋ฅ๋ฌ๋ ๋ชจ๋ธ์ ๋๋ค. ๊ธฐ์กด Alphafold2 ์ํคํ ์ฒ๋ฅผ ๋ฉด์ญ ๋จ๋ฐฑ์ง ์์ด์ ๋ง์ถ์ด ํนํ ํ์ต์ํจ ๊ฒฝ๋ํ ๋ชจ๋ธ ๋ก, ํนํ CDR loop์ ๊ตฌ์กฐ ์ ํ๋์ ์ถ๋ก ์๋์์ ๋ฐ์ด๋ ์ฑ๋ฅ์ ๋ณด์ ๋๋ค.
์ฐธ๊ณ : VH/VL, TCR ฮฑฮฒ ๋ฑ ์ฒด์ธ ๊ฐ pairing ๊ตฌ์กฐ ์์ธก๋ ์ง์ํฉ๋๋ค.
๐งช ์ฐ๋ฆฌ ํ๋ซํผ์์ ์ด๋ป๊ฒ ์ ๊ณต๋๋์?
์ฐ๋ฆฌ ํ๋ซํผ์์๋ Immunebuilder๋ฅผ ์ง๊ด์ ์ธ ์ธํฐํ์ด์ค๋ก ์ ๊ณตํฉ๋๋ค. FASTA ํ์์ผ๋ก ์ ๋ ฅ๋ ํญ์ฒด ๋๋ TCR ์์ด์ ๊ธฐ๋ฐ์ผ๋ก **3D ๊ตฌ์กฐ(PDB)**๋ฅผ ๋น ๋ฅด๊ฒ ์์ธกํ ์ ์์ต๋๋ค.
๊ตฌ์กฐ ์์ธก ์ต์ ์ผ๋ก ํญ์ฒด, nanobody, TCR ์ค ์ ํ ํ ์ ์์ผ๋ฉฐ, ๊ฐ ์์ญ์ ํน์ง์ ๋ง์ถฐ ์ต์ ํ๋ ๋ชจ๋ธ์ด ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค.
๐ ์ฌ์ฉ ๋ฐฉ๋ฒ ์๋ด
1. ์์ ์ด๋ฆ ์ง์
- ์:
Immunebuilder_test1
2. ์ ๋ ฅ ๋ฐฉ์ ์ ํ
- ์๋ฏธ๋ ธ์ฐ ์์ด ์ ๋ ฅ (FASTA ํ์, VH/VL ํน์ TCR ฮฑ/ฮฒ)
3. ํ๋ผ๋ฏธํฐ ์ค์
์ต์ | ์ค๋ช |
---|---|
Molecule type | Antibody, Nanobody, TCR ์ค ์ ํ |
4. ๊ฒฐ๊ณผ ํ์ธ
- ์์ธก๋ 3D ๊ตฌ์กฐ (PDB ํฌ๋งท)
Job Name: Immunebuilder_test1
์
๋ ฅ๊ฐ ์์:
FASTA: >VH_chain\nEVQLVESGGGLV...
์ต์
: Molecule = Antibody
๐งฌ ๋ถ์ ๊ฒฐ๊ณผ ํ์ฉ ์์
- ํญ์ฒด ์ค๊ณ ์ด๊ธฐ ๋จ๊ณ: CDR ๋ณํ ํ๋ณด ๊ตฌ์กฐ ๋น ๋ฅด๊ฒ ํ๋ณด
- TCR ๊ตฌ์กฐ ๋ชจ๋ธ๋ง: TCR ๊ธฐ๋ฐ ๋ฉด์ญ ์น๋ฃ์ ์ค๊ณ์ฉ ๊ตฌ์กฐ ์์ธก
- ์์ง๋์ด๋ง ์ ์ฒ๋ฆฌ: loop ๊ตฌ์กฐ ์์ ์ฑ ๊ฒํ ํ downstream ๋ถ์ ์ฐ๊ณ
โ ๏ธ ์ฃผ์์ฌํญ
ํญ๋ชฉ | ๋ด์ฉ |
---|---|
์ ๋ ฅ ๋์ | ํญ์ฒด(VH/VL), nanobody, TCR ฮฑฮฒ ์ฒด์ธ |
์์ธก ๋ฒ์ | ๋จ์ผ์ฒด ๊ตฌ์กฐ ์์ธก๋ง ๊ฐ๋ฅ (ํญ์ ํฌํจ ๋ถ๊ฐ) |
ํ๊ณ์ | ๋ณตํฉ์ฒด ์์ธก ๋ถ๊ฐ. ํญ์ฒด-ํญ์ ๋ํน์ ๋ณ๋ ์ํ ํ์ |
โ ๋ง๋ฌด๋ฆฌ
Immunebuilder๋ ํญ์ฒด ๋ฐ TCR ๊ตฌ์กฐ ์์ธก์ ๋น ๋ฅด๊ฒ ์ํํ ์ ์๋ ๋ฉด์ญ ๋จ๋ฐฑ์ง ํนํ ๋ชจ๋ธ์ ๋๋ค. Diffdock-PP, GROMACS, PRODIGY ๋ฑ๊ณผ ์ฐ๊ณํ์ฌ ๋ณตํฉ์ฒด ๋ชจ๋ธ๋ง๊ณผ ๊ฒฐํฉ๋ ฅ ํ๊ฐ๊น์ง ํ์ฅ ๋ถ์์ด ๊ฐ๋ฅํฉ๋๋ค.
์ง๊ธ ๋ฐ๋ก Immunebuilder ๋ถ์ ํ์ด์ง์์ ์ง์ ์ฌ์ฉํด๋ณด์ธ์!