Structure Analysis

구조 분석 및 비교 도구들

🔬 구조 분석 도구

단백질 구조 분석, 구조 비교, 구조 검증 도구들을 소개합니다.

🔬 PLIP이란?

2025년 08월 21일

PLIP(Protein–Ligand Interaction Profiler)는 단백질–리간드 복합체에서 수소 결합, 소수성 상호작용, π–π stacking 등 다양한 결합 유형을 자동으로 탐지하고 시각화해주는 상호작용 분석 도구입니다.

PLIP 단백질-리간드 상호작용 상호작용 분석 docking 후처리 결합 메커니즘 구조 기반 분석

🔬 LigandMPNN이란?

2025년 08월 21일

LigandMPNN은 단백질이 특정 리간드에 더 잘 결합할 수 있도록 결합 부위의 서열을 최적화하는 MPNN 기반 모델입니다. 단백질과 리간드를 그래프로 변환하여 상호작용을 고려한 서열 설계를 수행합니다.

LigandMPNN 단백질 설계 리간드 최적화 단백질-리간드 MPNN 단백질 구조 예측 단백질 공학 약물 디자인

🔬 Immunebuilder란?

2025년 08월 21일

Immunebuilder는 항체(nanobody, antibody) 및 T 세포 수용체(TCR)의 서열을 기반으로 빠르고 정확하게 구조를 예측하는 딥러닝 모델입니다. CDR loop와 VH/VL pairing에 특화된 구조 예측을 지원합니다.

Immunebuilder 항체 구조 예측 TCR 예측 CDR loop nanobody antibody immune modeling

🔬 GROMACS란?

2025년 08월 21일

GROMACS는 생체분자와 재료계 모두에 적용 가능한 고성능 오픈소스 분자동역학(MD) 시뮬레이션 도구입니다. 빠른 속도, 다양한 포스필드 지원, 유연한 분석 기능으로 MD 연구의 표준 툴로 자리잡고 있습니다.

GROMACS MD 시뮬레이션 분자동역학 포스필드 시뮬레이션 파이프라인 GPU 가속 RMSD 자유에너지

🔬 FixPDB란?

2025년 08월 21일

FixPDB는 단백질 구조(PDB 파일)를 자동으로 정리하고 안정화하는 구조 정제 도구입니다. Clash 제거, 수소 원자 추가, side-chain 보정 등을 통해 GROMACS, FoldX, PLIP 등 다양한 분석에 적합한 형태로 구조를 전처리합니다.

FixPDB 구조 정리 PDB 정제 side-chain 수정 분자 시뮬레이션 전처리 clash 제거

🔬 DeepFRI란?

2025년 08월 21일

DeepFRI는 단백질의 기능을 예측하고 동시에 해당 기능에 관여하는 핵심 잔기들을 식별하는 딥러닝 기반 도구입니다. GCN과 LSTM을 결합한 모델 구조로, GO term 및 EC number 예측과 saliency heatmap 출력을 지원합니다.

DeepFRI 단백질 기능 예측 잔기 중요도 분석 saliency map GCN LSTM GO term EC number

🔬 Chai란?

2025년 08월 21일

Chai는 단백질 구조 예측과 ligand, glycan과의 결합 구조를 동시에 예측하는 AI 기반 시뮬레이션 도구입니다. Diffusion 기반의 Transformer 아키텍처를 사용하며, 유연한 단백질 구조까지 반영하여 정확한 docking 예측이 가능합니다.

Chai docking structure prediction 단백질 구조 예측 결합 예측 ligand glycan

🔬 Boltz-2란?

2025년 08월 21일

Boltz-2는 단백질 서열로부터 3D 구조를 생성하고, 리간드 및 글라이칸과의 결합을 예측하는 확률 기반 도킹 모델입니다. 구조 생성부터 결합 포즈, 친화도 예측까지 원스톱 분석을 지원합니다.

Boltz-2 diffusion 단백질 도킹 구조 생성 binding affinity 단백질-리간드 글라이칸

🔬 Bioemu란?

2025년 08월 21일

Bioemu는 단백질 서열만으로 열역학적으로 안정한 구조를 빠르게 생성할 수 있는 Diffusion 기반 시뮬레이션 도구입니다. MD 시뮬레이션의 정확성과 딥러닝의 속도를 결합해 효율적인 구조 예측을 가능하게 합니다.

Bioemu 단백질 구조 예측 diffusion model MD 에뮬레이터 빠른 시뮬레이션 구조 샘플링

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