🔬 PLIP이란?

2025년 08월 21일

PLIP 단백질-리간드 상호작용 상호작용 분석 docking 후처리 결합 메커니즘 구조 기반 분석

PLIP(Protein–Ligand Interaction Profiler)는 단백질–리간드 복합체에서 수소 결합, 소수성 상호작용, π–π stacking 등 다양한 결합 유형을 자동으로 탐지하고 시각화해주는 상호작용 분석 도구입니다.

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**PLIP(Protein–Ligand Interaction Profiler)**는 단백질–리간드 복합체 구조로부터 구체적인 상호작용 정보를 자동으로 추출 하는 분석 도구입니다. Docking 또는 MD로 얻은 안정 구조를 입력으로 사용해, 결합 pocket 내의 다양한 상호작용을 체계적으로 분류 및 시각화 할 수 있습니다.

참고: 복잡한 파라미터 설정 없이도 수소 결합, 소수성, π–π, 금속 결합 등을 자동 탐지할 수 있어, 후처리 분석과 figure 제작에 매우 유용 합니다.

🧪 우리 플랫폼에서 어떻게 제공되나요?

우리 플랫폼에서는 PLIP 기능을 단순한 PDB 업로드만으로 실행 할 수 있습니다. 단백질–리간드 복합체 구조만 준비되어 있다면, 자동으로 상호작용 분석을 수행하며, 결합 pocket 시각화 이미지와 상호작용 표 를 함께 출력해줍니다.

대규모 후보군 처리에도 적합하게 batch 기능도 지원 됩니다.

📝 사용 방법 안내

1. 작업 이름 지정

• 예: PLIP_binding_analysis1

2. 입력 방식 선택

• PDB 형식의 단백질–리간드 복합체 구조

3. 파라미터 설정

• 별도 설정 없음 (자동 분석)

4. 결과 확인

• 상호작용 리스트 (결합 종류, 위치, 거리, 각도 등)
• 결합 pocket 확대 시각화 이미지

Job Name: PLIP_binding_analysis1
입력값 예시:
PDB: ligand_bound_structure.pdb

🧬 분석 결과 활용 예시

• 후보물질 binding 메커니즘 검증
• 결합 pocket 내 주요 잔기 확인 및 변이 설계
• 동일 pocket 내 리간드별 상호작용 비교
• Docking 구조 신뢰도 평가 및 figure 제작
• MD 시뮬레이션 중 시점별 상호작용 변화 분석

⚠️ 주의사항

항목	내용
입력 대상	단백질–리간드 복합체 구조 (PDB)
필수 조건	안정된 결합 구조 필요 (Docking/MD 이후)
지원 상호작용	H-bond, hydrophobic, π–π, salt bridge, metal 등

✅ 마무리

PLIP은 단백질–리간드 복합체의 상세 상호작용을 자동 분석하고 시각화해주는 필수 후처리 도구 입니다. Chai, GROMACS, PRODIGY 등과 연계하여 결합 메커니즘–구조 안정성–친화도 평가까지 통합 분석 이 가능합니다.

지금 바로 PLIP 분석 페이지에서 직접 사용해보세요!