🔬 FixPDB란?

2025년 08월 21일

FixPDB 구조 정리 PDB 정제 side-chain 수정 분자 시뮬레이션 전처리 clash 제거

FixPDB는 단백질 구조(PDB 파일)를 자동으로 정리하고 안정화하는 구조 정제 도구입니다. Clash 제거, 수소 원자 추가, side-chain 보정 등을 통해 GROMACS, FoldX, PLIP 등 다양한 분석에 적합한 형태로 구조를 전처리합니다.

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목차

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FixPDB는 실험 구조 또는 예측 모델로부터 얻은 **단백질 구조 파일(PDB)**을 자동으로 정리하여, 후속 계산이나 시뮬레이션에 적합한 형태로 만드는 구조 정제 도구입니다.

실험 구조(X-ray, Cryo-EM)나 예측 구조(AlphaFold, homology modeling)는 종종 clash, 기하학 오류, 수소 누락 등을 포함합니다. FixPDB는 이를 빠르고 일괄적으로 교정합니다.

🧪 우리 플랫폼에서 어떻게 제공되나요?

우리 플랫폼에서는 FixPDB를 단일 업로드만으로 자동 실행할 수 있도록 구성되어 있습니다. PDB 파일을 업로드하면 정리된 구조 파일(*_fix.pdb)이 자동 생성되며, downstream 분석 도구와 바로 연계할 수 있습니다.

복합체 구조, 단백질–리간드 시스템, DNA/RNA 포함 구조에도 범용적으로 적용 가능합니다.

📝 사용 방법 안내

1. 작업 이름 지정

• 예: FixPDB_structure_clean1

2. 입력 방식 선택

• 원본 구조: PDB 형식

3. 파라미터 설정

• 별도 설정 없음 (자동 최적화)

4. 결과 확인

• 정제된 PDB 파일 (example_fixed.pdb)

Job Name: FixPDB_structure_clean1
입력값 예시:
PDB: structure_input.pdb

🧬 분석 결과 활용 예시

• ΔΔG 계산 준비: FoldX, DeepDDG 등으로 안정성 예측
• Docking/MD 전처리: AutoDock, GROMACS에 안정화 구조 제공
• AlphaFold 구조 보정: Predicted 구조의 clash 제거 및 geometry 정비
• 대규모 구조 정리: 단백질 데이터셋 정합성 확보용 batch 처리

⚠️ 주의사항

항목	내용
입력 형식	.pdb 파일 (단백질, 복합체 모두 가능)
수정 내용	수소 추가, side-chain 회전, 거리·각도 보정, 경미한 에너지 최소화 등
연계 분석	GROMACS, PLIP, FoldX 등과 바로 연동 가능

✅ 마무리

FixPDB는 구조 오류를 자동으로 정리하여 후속 계산의 정확도와 안정성을 높여주는 전처리 도구입니다. FoldX, GROMACS, Boltz-2 등 다양한 구조 기반 분석 도구들과 자연스럽게 연계되어 활용될 수 있습니다.

지금 바로 FixPDB 분석 페이지에서 직접 사용해보세요!